Идею о сооружении храма на территории тогда Военного университета, родившуюся в коллективе ВУЗа, высказал его начальник генерал-полковник Виктор Кузьмич Чертков. Так по согласованию с митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом, ныне Святейшим Патриархом Московским и всея Руси, Администрацией района было выбрано место и началось строительство храма в честь святого мученика Меркурия Смоленского.

Был создан фонд по сбору средств на строительство церкви, в который первый вклад внесли военнослужащие и жители Заднепровского района. Для координации деятельности и сбора средств и пожертвований был образован Попечительский совет, в состав которого вошли руководители Администрации района, промышленных предприятий, организаций и учреждений города, священники, представители частного бизнеса. Председателем Совета был избран генеральный директор ОАО “Теллур” Александр Емельянович Кинос.
Началось строительство церкви в марте 2002 года. Самое активное участие принимал личный состав полка обеспечения учебного процесса и его командир – полковник Владимир Иванович Рыкалов. К концу ноября месяца 2002 года храм был построен. Освящение храма состоялось 7 декабря, чин освящения совершил митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл.
Освящение храма в честь святого мученика Меркурия Смоленского – знаковое событие в жизни не только коллектива Военного университета, но и всех прихожан и гостей района, города и области в целом. Построенный храм – начало долгого дружного пути сотрудничества Военного университета и Смоленской епархии, наполнение этого взаимодействия новым содержанием.